Dados do Trabalho

TÍTULO

DADOS GENOMICOS REVELAM AS RELAÇOES FILOGENETICAS DE UM DOS ROEDORES MAIS ABUNDANTES E MENOS ESTUDADOS DA AMAZONIA (ECHIMYIDAE: PROECHIMYS)

Resumo

Dados genômicos gerados por sequenciamento de nova geração (NGS) propiciaram uma revolução em vários campos das ciências, inclusive na Sistemática Filogenética. O RAD-Sequencing (Restriction site associated DNA) é uma das técnicas mais comuns de NGS e amplamente utilizadas em espécies não-modelo, além de ser um método versátil que pode ser usado para análises filogeográficas, filogenéticas e de genéticas de populações. Neste trabalho, geramos dados por meio dessa técnica para inferir a filogenia e delimitar as espécies dos ratos-de-espinho do gênero Proechimys, um dos pequenos mamíferos mais comuns e menos estudados da Amazônia, e o gênero mais diversificado da família Echimyidae, com 22 espécies válidas. As hipóteses filogenéticas publicadas utilizaram apenas dados mitocondriais para 10 das 22 espécies conhecidas e resultaram em uma politomia basal. Nós sequenciamos 222 espécimes, representando a maior parte da distribuição geográfica do gênero, gerando cerca de 90.000 loci. As árvores filogenéticas foram inferidas por meio de máxima verossimilhança (ML) com o programa RAxML e por meio do modelo coalescente (MC) com o SVDquartets, ambas análises foram feitas com 100 replicações de bootstrap. Clados recuperados com suporte estatístico elevado (>95%) em, pelo menos, uma das árvores e que possuíam uma coesão geográfica foram identificados e nomeados. Nós testamos se esses clados poderiam ser considerados linhagens evolutivamente independentes, empregando outro conjunto de dados além do genômico. Para isso utilizamos dados morfométricos de 22 medidas cranianas de 479 espécimes adultos, representando os clados identificados nas árvores, utilizando o programa iBPP. Realizamos simulações com 3 bancos de dados: (i) apenas dados moleculares, (ii) apenas dados morfológicos, (iii) com os dados integrados. Proechimys não foi recuperado como um gênero monofilético, pois indivíduos dos Tepuis no Escudo da Guiana, atualmente conhecidos como Proechimys hoplomyoides, formaram uma linhagem independente dos outros espécimes de Proechimys e dos representantes do gênero-irmão Hoplomys. Estas análises recuperaram cinco clados principais no gênero e 28 linhagens consideradas independentes nas análises de delimitação de espécies e dados de DNA mitocondrial e de citogenética suportam essa hipótese. A maioria dos casos de simpatria em Proechimys ocorre entre linhagens oriundas de diferentes clados principais. Com base nas análises conduzidas até o momento, não foi possível associar um táxon nominal disponível a 12 das 28 linhagens: dessa forma, algumas linhagens poderão representar novas espécies, mas também poderão se tratar de revalidações de táxons atualmente incluídos na sinonímia de espécies válidas. Dessa forma, a primeira filogenia multiloci com dados genômicos para um gênero de roedor da família Echimyidae sugeriu que a diversidade atualmente descrita está subestimada e que rearranjos taxonômicos são necessários tanto para os táxons ao nível do grupo de espécies quanto ao nível genérico.

Palavras-chave

Delimitação de espécies, Eumysopinae, Genômica, Morfometria, Myocastorini, Taxonomia Integrativa.

Financiamento

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP): 09/16009-1, 15/02853-6, 16/24464-4 e 16/20055-2.