Dados do Trabalho

Título:

CARACTERIZAÇAO DOS PRIMEIROS DRAFTS GENOMICOS PARA TATU-PEBA (EUPHRACTUS SEXCINCTUS) E TATU-CANASTRA (PRIODONTES MAXIMUS)

Resumo:

Os Xenartros, assim designados devido à peculiaridade das articulações vertebrais exibidas por todas as espécies compreendidas, são atualmente considerados uma superordem que contém apenas 31 espécies viventes divididas em duas ordens monofiléticas: Cingulata (tatus) e Pilosa (tamanduás e preguiças). Esta superordem representa um dos quatro clados basais dos placentários, sendo o único grupo que se originou na América do Sul. Seus registros fósseis compreendem centenas de espécies já extintas, ressaltando a importância das iniciativas de estudo e conservação das espécies atuais, uma vez que a história evolutiva de um vasto conjunto de mamíferos placentários está atualmente contida em um número relativamente pequeno de representantes vivos. Além dos Xenartros serem um grupo relativamente pouco estudado, há poucos dados publicados abordando temas relacionados tanto à sua conservação quanto à caracterização dos seus genomas. Das 31 espécies existentes atualmente, apenas 8 genomas foram caracterizados. O presente trabalho visa ampliar esse número, adicionando a descrição de genomas e de seus respectivos genes e produtos proteicos para duas espécies, o tatu-peba (Euphractus sexcinctus) e o tatu-canastra (Priodontes maximus), relativamente ainda pouco estudadas na literatura científica. O DNA genômico total de ambas espécies foi obtido a partir de amostras de tecidos de um indivíduo de cada espécie, vítimas de atropelamentos. Foram construídas bibliotecas genômicas de short-reads, usando tecnologia Illumina (San Diego, Califórnia, EUA). Os genomas foram montados utilizando o software SPAdes, a partir de dados produzidos por sequenciamento de próxima geração em plataforma Illumina HiSeq. O controle de qualidade dos dados foi feito com o software FastQC; a trimagem dos reads foi feita com o software Trimmomatic; e a obtenção das estatísticas de contiguidade foram obtidas com os softwares QUAST e BBMap. Para realizar a anotação do genoma, utilizamos o pipeline Funannotate. O draft genômico para o tatu-peba foi montado a partir de cerca de 400 milhões de reads (36-101pb), sendo composto de 829k contigs, com N50 = 4877, L50 = 153256, e cobertura média de 14,7. Foram preditos 12.778 produtos gênicos, e encontrados 2.075 genes ortólogos para mamíferos. O draft genômico para o tatu-canastra foi montado a partir de cerca de 160 milhões de reads (36-126pb), que resultaram em 1208k contigs, com N50 = 1312, e L50 = 336372. Foram preditos 317 produtos gênicos, e encontrados 35 genes ortólogos para mamíferos. Estes dados serão uteis para análises de genômica comparativa envolvendo outras espécies de Xenartros, e permitirão compreender questões relacionadas à diversificação do grupo e a eventos de seleção diferencial em genes que caracterizam essa superordem. Esperamos também que os genomas aqui caracterizados sirvam para o aumento do entendimento da diversidade de Xenartros e para gerar insights relevantes para questões conservacionistas.
Palavras-chave: Genômica, Anotação Gênica, Xenartros

Financiamento:

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP); Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior – Brasil (CAPES) – Código de Financiamento 001; Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq, Processos 303524/2019-7; 317345/2021-4).

Área

Genética